Das Junkerhaus in der Carl-Philipp-Emanuel-Bach-Straße bietet einen geschichtsträchtigen Rahmen für das Ausstellungsprojekt. Das Gebäude selbst wurde unter Einbeziehung eines mittelalterlichen Patrizierhauses errichtet, war im 16. Jahrhundert unter anderem im Besitz der Familie Wins und auch Wohnhaus des Generalsuperintendenten Andreas Musculus, Hauptakteure im Frankfurt (Oder) der Reformationszeit. Das Museum Viadrina, welches 1957 in die Räume des Junkerhauses zog, zeigt neben Objekten der ständigen Sammlung Leihgaben aus der Marienbibliothek, dem Stadtarchiv, aber auch aus Sammlungen und Archiven deutschlandweit.


„Frankfurt als Metropole in der Mark Brandenburg“, so der einleitende Abschnitt der Ausstellung, in dem der Besucher von der Bedeutung der Stadt Frankfurt (Oder) um 1500 erfährt. Manch einer mag überrascht sein, was für ein wichtiges Handels- aber auch kulturelles und geistiges Zentrum die Stadt einst darstellte. Um das Stadtmodell, das die Bebauung von 1550 wiedergibt, entfaltet sich die Sektion zu „Stadtstruktur, religiöses und soziales Leben“, in der neben dem christlichen Leben auch die jüdische Gemeinde betrachtet wird.

Eine Etage höher, durch die herrschaftlichen Räume des Hauses, beschäftigt sich „Das humanistische Frankfurt“ unter anderem mit der Universitätsgeschichte. Die Viadrina wurde 1506 gegründet und bezeugt damit nicht nur die Bedeutsamkeit der Stadt, sondern lockte auch bedeutende Personen des humanistischen Lebens an. Ebenso als Zentrum des Buchdrucks, das viele heute noch erhaltene und in der Ausstellung zu betrachtende Schriften hervorbrachte, war Frankfurt an der Oder über seine Grenzen hinaus bekannt.

Im zweiten Obergeschoss des Junkerhauses konzentriert sich das Museum Viadrina auf das Leitthema der Ausstellung, die Reformation. Wer waren die Akteure? Wer dagegen? Wie konnte sich die neue Glaubensrichtung durchsetzen? Der Bogen spannt sich über das gesamte Bistum Lebus, dem Frankfurt und auch Fürstenwalde mit seinem Dom und der Marienwallfahrtsort Göritz zugehörig waren. Mit der Geschichte, Ausstattung und Restaurierungsgeschichte der Marienkirche wird die Brücke zum Ausstellungsort St. Marien im Stadtzentrum geschlagen und lädt ein, diese und den sie umgebenden Stadtraum zu erkunden.